Puoi prendere sia il treno sia il bus COTRAL.
Con il treno scendi a scelta alle stazioni di Roma: Tiburtina, Tuscolana, Ostiense, Trastevere: ma NON a Termini. Secondo me le scelte migliori sono quelle di Roma Tiburtina e Roma Ostiense, perchè da entrambe puoi prendere la metro B per poi proseguire fino a Ponte Milvio.
Ecco orari (clicca su "successive" per vedere le altre partenze) e prezzo del biglietto del treno:
http://orario.trenitalia.com/b2c/nppPriceTravelSolutions.do?car=0&stazin=monterotondo+&stazout=roma&datag=20&datam=11&dataa=2012&timsh=06&stazin_r=Staz_DA&stazout_r=Staz_A&timsm=13&timsm_r=13&lang=it&nreq=5&channel=tcom&npag=1&lang_r=it&nreq_r=5&channel_r=tcom&npag_r=1&x=21&y=4
Alla stazione Roma Tiburtina prendi la metro B (direz.: Laurentina) fino a Termini, dove scendi e prendi al capolinea il 910 fino all' altro capolinea (Piazza Mancini). Da qui prendi al capolinea un qualunque bus che passi per Ponte Milvio: 232, 201, 301, ecc. Si tratta di un tratto breve, di una o due fermate, che puoi benissimo fare anche a piedi, se ti va. Ecco il percorso a piedi, segnato in blu:
https://maps.google.it/maps?saddr=Piazza+Antonio+Mancini,+Roma&daddr=Ponte+Milvio,+Roma&hl=it&ll=41.931832,12.466135&spn=0.00597,0.009892&sll=41.936233,12.466633&sspn=0.00597,0.009892&geocode=FWXRfwId4jK-ACltlR63wWAvEzHH4PkpGfR7Pw%3BFWnlfwIdyTm-ACkz0FkgxGAvEzH9oaaL0DgAUAoq=piazza+antonio+mancini&t=h&dirflg=w&mra=ltm&z=16
Se scendi alla stazione ferroviaria Ostiense, prendi la metro B (direz.: Rebibbia) e scendi a Termini, proseguendo come sopra.
Se prendi il bus COTRAL, scendi alla stazione Tiburtina, e continui come sopra.
Dalla stazione >Tiburtina, puoi prendere, in alternativa, anche i bus 490 (al capolinea) e 495, ma poi devi prendere almeno un altro bus, quindi impiegheresti più tempo rispetto a quello che ti occorre con la metro.